WindLightが登場して以来、たまにスカートが表示されないとか、一部消えてしまうとかいう問合せがくるようになりました。調べてみると、リンデン側の周知のバグのようですね。。。確かに、たまーにそういう現象が起こり、私自身は最新のViewerを使用するのを辞めてしまいました。 WindLightが登場する以前の古いViewerでは、スカートが消えることはなくなりました。とはいえ、一般的には最新版のViwerを使用している方が多いと思いますので、いくつかの解決方法を記述しておきます（一時的なものですが。。。）

調べてみた限りだと、以下のどれかを試すと解決する（ことがある）ようです。
1. キャッシュをクリアし、再ログイン
編集 → 環境設定 → ネットワーク → キャッシュ(MB)： 「クリア」ボタン
※ キャッシュのクリアは再ログイン時に有効になります。

2. Rebake Texturesを実施（デバッグモード）
Ctrl+Alt+Dにて、デバッグモードとする
メニューバーの一番右に新たにAdvancedメニューが追加されます。
このメニューから、Character → Rebake Textures を選択

3. 容姿の編集でスカートの値をいじって保存しなおす
アバターを右クリック → 容姿... → スカート → ＜値をいじる＞ → 保存

複数回、同じことをやったら直ったということもあるようですので、だましだましやってみてください。
ただ、原因はリンデンのバグですので、こちらが解決されないことには。。。
あくまで、一時的な対処法として試してみてください。
最近は、プリムスカートが流行っているので、あまり重大視されてないのかなぁ。
和ものの着物を着る身としては、ひじょーに困った事象です。。